Interesante pregunta. Ambas son correctas, pero tienen diferente significado.
La primera es correcta sólo si agregas las siguientes comas:
Una de las más grandes profecías, contenida en la Biblia, habla de ...
y dice que la profecía a la que te refieres, está contenida en la biblia. Pero la grandeza está siendo comparada con todas las demás profecías (no sólo las que aparecen en la Biblia). El singular en contenida enfatiza que sólo consideras que esa una, tu sujeto, está contenida en la biblia. La frase 1 se entendería más o menos como sigue:
Cierta profecía bíblica, una de las más grandes (¡de todas las religiones!), habla de...
La segunda,
Una de las más grandes profecías contenidas en la Biblia habla de ...
constriñe todas las profecías, cuya grandeza está siendo comparada, a las de la Biblia. Excluye toda comparación que se salga de ese libro.