Porque en latín también se daba exactamente la misma multiplicidad de significados con el prefijo dis-. Buscá primero en la RAE, a ver qué tiene para decir:
des-
Confluencia de los prefs. lats. de-, ex-, dis- y a veces e-.
pref. Denota negación o inversión del significado de la palabra simple a la que va antepuesto. Desconfiar, deshacer.
pref. Indica privación. Desabejar.
pref. Indica exceso o demasía. Deslenguado.
pref. Significa 'fuera de'. Descamino, deshora.
pref. A veces indica afirmación. Despavorido.
Ahora, consultamos el Wikcionario a ver qué nos dice:
Latin
Alternative forms: dī- dif-
Etymology
From Proto-Italic *dwis-, from Proto-Indo-European *dwís. Cognate with Ancient Greek δίς (dís), Sanskrit द्विस् (dvis). Doublet of bis.
Prefix dis-
- asunder, apart, in two
dīmittō ― dismiss, disband
discēdō ― part, separate
- reversal, removal
dissimulō ― disguise, conceal\
- utterly, exceedingly
differtus ― stuffed full
La cuestión viene desde hace bastante. Y las etimologías anteriores al latín en general son hipotéticas, así que más ciencia que ésta no creo que sea posible hallar.