Yo prefiero, igual que la mayoría de los hablantes, la primera opción.
Hay al menos dos problemas aquí
Primero: la eterna duda singular-plural para designar un instante horario. Es claro que "las seis (horas)" es plural, gramaticalmente hablando. Sin embargo generalmente se usa como sintagma singular. Y es lógico, ya que en la mayoría de los usos (como el que nos ocupa) designa un objeto singular: un instante de tiempo. En verdad, cuando decimos
"La oficina cierra [a las quince horas]"
estamos diciendo, en forma abreviada
"La oficina cierra [en el instante en que el reloj marca las quince horas]"
"La oficina cierra [en el instante en que han transcurrido quince horas desde el comienzo del día]"
Así que el complemento es realmente singular. (De paso, nótese que a veces se usa la expresión "La oficina cierra [a la hora quince]", menos habitual y un poco dura, pero en este aspecto más clara.)
Y por eso, es correcto que la pregunta y respuesta vayan en singular:
¿Cuál es la hora de salida?
La hora de salida es las seis de la tarde.
(El único caso en que se acepta el plural es para : ¿Qué hora/s es/son? Son las seis)
Es cierto, de todas maneras, que suena un poco raro. Lo cual nos lleva a la segunda duda,
sobre la preposición:
"La hora de salida es a las seis de la tarde"
De nuevo, ateniéndonos a la solo gramática, esto no es muy correcto, no hay que agregar la preposición a en este tipo de construcción. Se está confundiendo con la construcción "Salimos a las seis de la tarde". Pero el hablante tiende a hacerlo, probablemente para suavizar esa disonancia (plural aparente cuando se espera un complemento singular). Y mí, diga lo que dijere la RAE, me parece bien.
Otro ejemplo relacionado (no totalmente equivalente). Si yo digo "El destino de esta donación es la sociedad de fomento", no hay nada que objetar. Pero si el complemento es plural (aparente) como "los discapacitados", dudamos:
"El destino de esta donación es los discapacitados"
"El destino de esta donación son los discapacitados"
"El destino de esta donación es para los discapacitados"
Ninguna satisface. 1: choca el complemento plural con el verbo. 2: choca el verbo plural con el sujeto singular. 3: es gramaticalmente incorrecta, confunde complementos. Esta última opción es análoga a nuestra primera opción (agregar el 'a'), pero en este caso suena bastante peor; preferiríamos reformular la frase como
"El destino de esta donación es el conjunto de los discapacitados" (metemos la pluralidad en un singular). O "Esta donación está destinada a los discapacitados".