En la Fundación Lengua Española señalan:
Según el Diccionario significa "padecer o llevar un castigo no merecido o que ha merecido otro". Seijas Patiño, en su Comentario al ‘Cuento de cuentos· de Quevedo, lo define como "llevar alguno el castigo que merece otro; de origen vulgar y tomado acaso de algún juego o diversión".
Este modismo fue utilizado contra los judíos. En la Biblia Castellana de Casiodoro Reina, se explica así su origen: "Como los vocablos Tora y Pacto, usados por los judíos españoles, el primero por la Ley y el segundo por el concierto de Dios, por los cuales los españoles les acusaban de que tenían una Tora o becerra pintada en su sinagoga, que adoraban; y del Pacto sacaron por refrán: Aquí pagaréis el pato".
Iribarren, José Mª; El porqué de los dichos. Gobierno de Navarra. Departamento de Educación, Cultura, Deporte y Juventud. Novena edición. Octubre 1996, pág. 25.
Por otro lado, Alfred López da una interpretación ligeramente distinta al mismo origen:
En la Biblia Castellana de Casiodoro Reina aparece recogida dicha cita: «Como los vocablos Torá y Pacto, usados por los judíos españoles, el primero por la Ley y el segundo por el concierto de Dios, por los cuales los españoles les levantaban (les acusaban a los judíos) que tenían una Tora o becerra pintada en su sinagoga, que adoraban; y del Pacto, sacaron por refrán “aquí pagaréis el pato”».
Generalizando podríamos decir que cualquier pacto entro dos partes acaba implicando que una tercera sufra las consecuencias negativas y pague el pacto. La palabra pacto acabó derivando en pato y eliminando toda connotación religiosa a la expresión hoy en día.