La definición en el DLE para penúltimo es:
Del lat. paenultĭmus.
- adj. Inmediatamente anterior al último o a lo último.
En wiktionary se explica un poco más su etimología:
Del latín paenultimus y éste a su vez de paene, "casi" y ultimus, "último"
Entonces, penúltimo vendría siendo como el "casi último". ¿Existen otras palabras en español que usen la partícula originada de paene con el significado de "casi"?
Sí, por ejemplo península
Del lat. paeninsŭla.
- f. Tierra cercada por el agua, y que solo por una parte relativamente estrecha está unida y tiene comunicación con otra tierra de extensión mayor.
Que como podemos apreciar en la etimología es un compuesto de paene (casi) e insula (isla). Es decir, que una península es casi una isla.
El mismo enlace aporta también penumbra (casi sombra o casi oscuridad)
Del lat. paene 'casi' y umbra 'sombra'.
- f. Sombra débil entre la luz y la oscuridad, que no deja percibir dónde empieza la una o acaba la otra.
Por dar un par de palabras más con una etimología un poco más rebuscada:
Del lat. paenitentia.
- f. Dolor y arrepentimiento que se tiene de una mala acción, o sentimiento de haber ejecutado algo que no se quisiera haber hecho.
- ...
Asegura la web del Diccionario etimológico del español lo siguiente:
La palabra penitencia viene del latín paenitentia (arrepentimiento, dolor, disgusto), nombre formado con el sufijo compuesto -entia (cualidad de un agente), sobre la raíz de un verbo impersonal paenitere (arrepentirse). Pero este verbo en origen significó "no tener bastante de algo, no estar contento o satisfecho" y parece que se deriva del adverbio paene (casi, poco más o menos, con falta), adverbio que encontramos en palabras como península (casi una isla) o penúltimo (casi el último).
Y la segunda:
Del lat. penuria.
- f. Escasez, falta de las cosas más precisas o de alguna de ellas.
De la cual asegura la misma web citada anteriormente lo siguiente:
[...] En este sentido Ernout y A. Meillet (Dictionaire Étymologique de la Langue Latine) apuntan a una derivación a partir de paene (casi). La formación es explicable porque los adverbios muestran en composición antigua con mucha frecuencia una variante sigmática (que pudo ser paenes) y los radicales muestran una alternancia frecuente en -es/-us o us-/es- (como en tempus-/tempes-), de manera que la palabra arcaica sería *paenusia, luego alterada la s por el rotacismo.
Agrego éstas:
1. f. Geogr. Terreno casi llano, con leves ondulaciones, cuya formación y características son resultado de la erosión de una zona montañosa.
1. f. península.
Probablemente (no lo sé) también la cordillera Penibética y sus gentilicios, y la palabra pendencia que (según una versión) vendría de penitencia, ya mencionada por Charly.
Además de los que comienzan pen-, hay:
