Agrego la explicación larga por si alguien no acaba de comprender la autorespuesta de Aaron, que es la correcta.
Una mecha es una "cuerda" o "tira". Parece que proviene del francés antiguo mèche, que significa lo mismo. Por ejemplo se llama mecha la cuerda de algodón que va dentro de las velas y de los cartuchos de dinamita, a cuya punta se prende fuego.
Si tienes un grupo de mechas y las separas en otro grupo más pequeño, obtienes un mechón.
Como un cabello es similar a una cuerda (o mejor dicho es un tipo de cuerda), podemos hablar de una mecha o mechón de pelo. Esta metáfora está recogida en el diccionario de la RAE.
Las mechas y mechones con el significado de "pelos" están abundantemente presentes en el habla chilena tradicional. Algunos ejemplos:
mechonear: tirarle el pelo a alguien. Sobre todo hablando de peleas entre mujeres o cuando un padre amonesta a su hijo.
irse a las mechas: pasar de la discusión a los golpes.
esto es tirado de las mechas: es absurdo.
es un mechas tiesas (o tiene las mechas tiesas): tiene el pelo grueso, o es de condición humilde, o es terco.
Como puedes ver, mechonear ya existía antes con el significado de "tirar el pelo" (esto aparece por lo menos en un diccionario de modismos de 1875). Entonces, cuando apareció el concepto de mechón como "estudiante de primer año de la universidad", el uso de la familia de palabras mech- ya estaba bien asentado. A los alumnos recién ingresados a la universidad, como parte de la novatada, se les cortaba el pelo, y por sinécdoque se les empezó a llamar los mechones. La ceremonia se llamó mechoneo.
Explico todo esto para que quede claro que en el origen hubo un juego de palabras que involucraba, además del corte de mechas, el ser "vapuleado". La primera referencia a esta tradición que encuentro buscando en la Internet es de la Universidad de Concepción en 1955. Actualmente la ceremonia de mechoneo no es ni muy ceremoniosa ni involucra las mechas de pelo.
Desconozco si en los demás países es frecuente el uso de mechas para hablar de pelo, aunque sé que actualmente se refiere sobre todo a un estilo de teñido capilar por secciones.