Bueno, resulta que, como me señalaron en esta pregunta que hice en history.stackexchange.com, la respuesta estuvo todo este tiempo en Wikipedia (no se como se me pasó):
La Baja Edad Media es un término que a veces produce confusión, pues
procede de un equívoco etimológico entre alemán y castellano: baja no
significa decadente, sino reciente; por oposición al alta de la Alta
Edad Media, que significa antigua (en alemán alt: viejo, antiguo).
De todas maneras, a continuación el artículo de Wikipedia también menciona esta idea de auge y decadencia, lo cual se me ocurre podría ser la razón por la cual este error etimológico se mantuvo:
No obstante, es cierto que desde alguna perspectiva historiográfica
puede verse al conjunto del periodo medieval como el ciclo de
nacimiento, desarrollo, auge e inevitable caída de una civilización,
modelo interpretativo que inició Gibbon para el Imperio romano (donde
es más obvia la oposición entre Alto Imperio y Bajo Imperio) y que se
ha aplicado con mayor o menor fortuna a otros contextos históricos y
artísticos.
Este error de traducción desde el alemán, además, podría estar relacionado con el comentario que hizo @JMVanPelt:
En italiano y en francés también se habla de la Edad media como "alta"
y "baja", y en alemán se usa aún "alta Edad media", aunque parece que
no "baja".
En la misma pregunta en history.stackexchange.com se ofrece otra explicación muy interesante que tiene sentido, aunque no cita ninguna fuente:
(...) Just common
sense. On Earth, because of gravity, things fall from top to bottom.
For instance rivers floes from a higher altitude to the lower ones.
Think of the two French departments of Haut-Rhin (in the south) and
Bas-Rhin (in the north): Rhine flows from South to North. Or upper
Egypt (in the South) and lower Egypt (in the North): the Nile also
flows from South to North.
By analogy, everything that flows, is deemed to flow from higher to
lower places. This applies especially well to time. Since time always
move in one direction, from ancient periods to more recent ones, the
ancient periods are deemed "high", "higher", "upper", "hautes" in
French, the more recent ones "low", "lower", "basses" in French. It is
only natural, and applies universally: "le haut moyen-âge" in French,
"Alta edad media" in Spanish mean the first part of the middle age.
The "high antiquity" means the very ancient one. You may often find
sentences like "to find this elaborated artifact at such a high date
is surprising", where "high date" means, of course "ancient", etc.
Traducido:
Es una cuestión de sentido común. En la Tierra, debido a la gravedad,
las cosas caen desde arriba hacia abajo. Por ejemplo, los ríos fluyen
desde una altitud mayor a una altitud menor. Piensa en los dos
departamentos franceses de Haut-Rhin (en el sur) y Bas-Rhin (en el
norte): El Rín fluye de sur a norte. O el Alto Egipto (en el sur) y el
Bajo Egipto (en el norte): el Nilo también fluye de sur a norte.
Por analogía, todo lo que fluye se considera que lo hace desde lugares
más altos y hacia lugares más bajos. Esto se aplica especialmente bien
al tiempo. Debido a que el tiempo siempre se mueve en una sola
dirección, desde periodos antiguos a periodos más recientes, los
periodos antiguos se consideran "altos", "superiores" o "hautes" en
francés, mientras que los más recientes se consideran "bajos",
"inferiores" o "basses" en francés. Es natural y se aplica
universalmente: "le haut moyen-âge" en francés, "Alta edad media" en
español, se refiere a la primera parte de la edad media. La "alta
antigüedad" se refiere al periodo más antiguo. Con frecuencia podemos
encontrar frases en inglés como "to find this elaborated artifact at
such a high date is surprising" (encontrar este artefacto tan
elaborado en una fecha tan alta es sorprendente), donde "high date"
(alta fecha) significa, por supuesto, "antiguo", etc.