El DRAE no refleja la etimología, pero buscando en inglés el Online Etymology Dictionary da algunas pistas:
homunculus (n.) Look up homunculus at Dictionary.com
"tiny human being produced artificially," 1650s, from Latin homunculus (plural homunculi), literally "little person," with -culus, diminutive suffix, + homo (genitive hominis), which technically meant "male human," but it also was used with a sense "the human race, mankind;" while in Vulgar Latin it could be used as "one, anyone, they, people" and in logical and scholastic writing as "a human being, person." This is conjectured to be perhaps from PIE *(dh)ghomon-, literally "earthling," from *dhghem- "earth" (see chthonic; also compare human). Other Latin diminutives from homo included homullus, homuncio.
El enlace a Dictionary.com nos lleva a:
homunculus
1650-60; < Latin, equivalent to homun- (variant of homin-, stem of homō man; see Homo ) + -culus -cule1
Siguiendo el último enlace llegamos a:
-cule
1. variant of -cle1:
animalcule; molecule; reticule.
Lo que nos lleva a la referencia final, la útil:
-cle1
Word Origin
1. a suffix found in French loanwords of Latin origin, originally diminutive nouns, and later in adaptations of words borrowed directly from Latin or in Neo-Latin coinages:
article; conventicle; corpuscle; particle.
Es decir, que se trata de un sufijo usado como diminutivo, usado especialmente para las palabras inventadas (coinages) en Neolatín.
Esto lo refleja también Online Etymology Dictionary en su entrada de -cule:
word-forming element used to make diminutives, from French -cule or directly from Latin -culus (masc.), -cula (fem.), -culum (neuter); these appear to be variants of the diminutive suffix -ulus (see -ule) used after -i-, -e-, -u-, and consonant stems [Gildersleeve], or might be a double-diminutive involving "an ancient diminutive suffix *-qo-" [Palmer, "The Latin Language"].
De todas las palabras que indicas, este sufijo diminutivo encaja con forúnculo, homúnculo y pedúnculo. Sin embargo, ranúnculo parece que no, ¿verdad? Pues sí, ¡también! Dictionary.com nos indica que viene de renacuajo, es decir rana pequeña. Así que confirmaría el uso de este diminutivo en los cuatro ejemplos que presentas.
Pero entonces, ¿un forúnculo qué es etimológicamente hablando? ¿Un qué pequeño?
Tal y como tú mismo descubriste:
forúnculo viene de fur, furis (ladrón), teniendo por tanto la misma raíz que furtivo. Significaría "pequeño ladrón"
Bonus: ¿existen más palabras en español con esta terminación?
Quise utilizar el diccionario inverso dirae.es para encontrar otras palabras con esta terminación. Sin embargo, parece que el buscador está caído.
Pero rsanchez nos descubrió el otro día un truco muy majo para encontrar palabras, así que le pregunté a google culo site:dirae.es y encontré algunas cosas. Sin embargo, al no ser palabras completas tampoco fue de mucha utilidad.
Finalmente, di con un fichero que tienen por ahí llamado lemario-inverso-20110518.txt donde encontré las siguientes palabras terminadas en -culo, para alguna de las cuales busqué su entrada en el DRAE. En la mayoría de casos encaja con el sentido de diminutivo:
culo
báculo
caculo
jáculo
cenáculo
tenáculo
signáculo
propugnáculo (esta no parece compartir etimología de diminutivo)
pináculo (tampoco)
tabernáculo
infernáculo
vernáculo
invernáculo
tapaculo
umbráculo
espiráculo
oráculo
arrastraculo
espectáculo
habitáculo
tentáculo
sustentáculo
receptáculo
obstáculo
lambeculo
espéculo
reculo
cubículo
fascículo
edículo
pedículo
ridículo
ofendículo
perpendículo
vehículo
calículo
folículo
caulículo
panículo
adminículo
funículo
apículo
currículo
ventrículo
sículo
versículo
baticulo
retículo
dentículo
conventículo
fontículo
montículo
artículo
divertículo
testículo
cálculo
animálculo
ardínculo
vínculo
carbúnculo
pedúnculo
homúnculo
ranúnculo
forúnculo
furúnculo
fóculo
flóculo
inóculo
binóculo
monóculo
póculo
tubérculo
opérculo
círculo
semicírculo
tórculo
súrculo
másculo
ósculo
flósculo
semiflósculo
músculo
minúsculo
munúsculo
crepúsculo
opúsculo
corpúsculo
grupúsculo
mayúsculo
dilúculo