Esta pregunta requiere que le echemos un vistazo al NTLLE, dado que merced no es un término que se use mucho hoy día precisamente, aunque sí que se usaba en el siglo XVII y anteriores.
Así pues, viajemos atrás en el tiempo y veamos qué dice el Diccionario de Autoridades:
MERCED. En su riguroso significado, vale el prémio ù galardón que se da por el trabajo, especialmente al jornalero.
Significa también dádiva o gracia que los Reyes hacen à sus vasallos, de empleos, dignidades, rentas, &c.
Por ampliación significa qualquier beneficio gracioso que se hace à otro, aunque sea de igual à igual. Yo à lo menos (dixo entonces el Rustico) a la mercéd que me has hecho estare eternamente agradecido.
Vale assimismo voluntád ò arbitrio de otro. No osaron mas los Moros juntarse: todo era huir, y darse a mercéd del vencedor.
Tratamiento o titulo de cortesia, que se usa con aquellos que no tienen titulo ù grado por donde les toque la Señoria. Y se acabe la carta, diciendo, Dios guarde a Vueseñoria, ò a vuessa mercéd, o Dios os guarde.
Nótese esta última definición, que es la que da origen al actual usted, dado que implica que se usa para aquellos que no alcanzan determinado grado en la escala social. Según esta definición, merced es un tratamiento de cortesía sin especial significado, que sería el usado en tu segundo ejemplo (no hay nadie tan fuerte como vuestra merced). Sin embargo, en el primero ejemplo (que se haga vuestra merced) el significado es más bien el de "voluntad o arbitrio de otro".
Si vamos más atrás, Covarrubias dice (texto adaptado):
MERCED, en su genuina significación vale galardón de lo que a uno se le debe por su trabajo: y así llamamos mercenarios a los jornaleros. [...] Merced es una cortesía usada particularmente en España, como en Italia la Señoría, que es común a cualquier hombre honrado [...], que por ser persona que merece ser honrada, la llamamos merced. Mercedes las gracias y las dádivas que los Príncipes hacen a sus vasallos, y las que los señores hacen a sus criados y a otras personas. Finalmente cosa que se da graciosa, se recibe por merced. [...] Darse a merced, es ponerse en manos del enemigo para que él haga su voluntad.
Se ve en el Covarrubias ya el uso como tratamiento de cortesía usado para cualquier hombre honrado. También el de sinónimo de "voluntad" en la expresión darse a merced. Y me ha encantado descubrir que mercenario es aquel que trabaja "para conseguir mercedes" en su sentido original: premio que se da por el trabajo.
Por último, los usos más comunes de merced se pueden ver en las siguientes traducciones al inglés del término en un diccionario de 1591:
Merced, curtesie, worship, pleasure.
