You don't need the pronoun lo; and, yes, it could be mi.
- Avrei dovuto immaginare che vi sareste fatti degli scrupoli
- Avrei dovuto immaginarlo che vi sareste fatti degli scrupoli
- Avrei dovuto immaginarmi che vi sareste fatti degli scrupoli
- Avrei dovuto immaginarmelo che vi sareste fatti degli scrupoli
- Mi sarei dovuto immaginare che vi sareste fatti degli scrupoli
- Me lo sarei dovuto immaginare che vi sareste fatti degli scrupoli
The first sentence is formal and I'm ready to bet nobody would use it in normal speech. In the second sentence there's a bit more emphasis on “immaginare”; in the third one the emphasis is more on the subject, like in the final sentence.
This can be called a “redundant pronoun” that, while being frowned upon by school teachers, has been a feature of Italian since the 14th century (for instance in Boccaccio). I would have no problem in writing any of the sentences above (except the first one) in order to reproduce speech or thought.