ウェブサイトの外観
一部のウエブサイトはあなたの設定をもとにカラースキームを適用します。 これらのサイトでどのカラースキームを使用するか選択してください。
I am not sure about the subject for 使用する. I think it is "websites". Were it written as "使用している" I would understand it as "which you will be using on these websites". Or why not just write it as 使用したい? "Which you want to use"
配色 ウエブサイトのテキスト、背景、リンクを、Firefoxの既定の配色で上書きする。
I think the subject here is 配色. It is a description of what it does. But isn't it also possible to understand it as "you"?
The subject of 使用する is implicit "you". で is a particle similar to on, at or with. As a basic rule, something marked with it is never the subject of the sentence.
これらのサイトでどのカラースキームを使用するか選択してください。
Select which color scheme you use on such sites.
This setting is related to prefers-color-scheme. Modern websites can detect if a user is using a dark mode and automatically apply a dark theme. But users can turn this feature off and tell websites to always use the light theme or the dark theme.
The subject of the last sentence is also "you". 配色 is not the subject because it is marked with で.
ウエブサイトのテキスト、背景、リンクを、Firefoxの既定の配色で上書きする。
Overwrite texts, backgrounds and links with Firefox's default color scheme
