I am reading the visual novel known as Kanon.
I'll include some context, but the final sentence is where my question is:
片隅には、白い羽の生えたリュックがあった。
(In a corner, the rucksack with white wings sprouting out the back)
あゆは、確かに存在していた。
(Ayu existed).
たとえそれが、どんな奇跡の上にあったとしても、俺はこの街であゆと再会した。
(???) Even though it was more than a miracle, I had met her again in this town.
So is 「それが」 in this context referring to the 「存在していた」in the previous sentence or 「再開した」 later on in the same sentence? Also, why is it using が rather than は in this context?