Si usa in se si vuole parlare del mezzo di trasporto in generale.
Mi piace leggere in treno.
Non mi piace leggere in macchina.
Si usa nel quando si fa riferimento ad una situazione o ad un certo tipo di mezzo di trasporto, di solito attraverso un complemento di specificazione o un aggettivo. Questa situazione può essere molto generica
Mi piace leggere nei treni Eurostar.
o più specifica
Mi piace leggere nel treno che prendo per andare al lavoro.
Se si fa riferimento ad una situazione descritta indipendentemente dal mezzo di trasporto (ad es. con un complemento di tempo), allora si ritorna nel caso precedente.
Mi piace leggere in treno quando vado al lavoro.