Maybe your girlfriend did not want to be too picky on that one with you :)
As far as I know there is no regional difference: I would definitely interpret fa senso! as it's disgusting! and I would translate makes sense with ha senso (or, depending on the context è sensato).
(as a side note: I am from Milan)
A few examples:
I ragni mi fanno senso!
I am scared of spiders!
Dire una cosa del genere non ha senso
It does not make sense to say something like that
The Treccani dictionary, at senso says:
Molto com. nell’uso fam. l’espressione fare senso, di cosa che produce una impressione forte e non gradevole (simile a disgusto o ripugnanza) o un turbamento psichico in genere: vedergli perdere tutto quel sangue mi faceva senso; spettacoli di miseria che fanno senso.
Contenuto logico, contenuto d’idee sostanzialmente valido (in questa accezione si usa solo al sing.): cerca di dire cose che abbiano senso (o che abbiano un s. comune, con lo stesso sign.); per lo più in frasi negative: parole, frasi, discorsi senza s., privi di s., vuoti di senso; non c’è senso in quello che dici. Con sign. più ampio, anche riferito ad azioni e comportamenti: ciò che fai non ha senso, non ha giustificazione, è illogico, inopportuno, inutile, assurdo; e similmente: un mio intervento ora non avrebbe senso; una protesta da parte vostra sarebbe senza senso.