Benché, come osservato dal egreg, "prioritario" derivi dalla radice latina "prior", che è comparativo di maggioranza, tale derivazione è mediata attraverso il latino medievale prioritas. In italiano "prioritario" risulta essere un semplice aggettivo qualificativo: nulla impedisce che gli elementi di X, prioritari rispetto agli elementi di Y, siano tra loro diversamente prioritari. Quindi in linea di principio potrebbero considerarsi accettabili i comparativi "più prioritario" o "maggiormente prioritario".
Tuttavia, assumendo che i fattori A e B siano entrambi prioritari rispetto ad altri fattori,
«A è prioritario rispetto a B»
è senz'altro preferibile ad
«A è più prioritario di B»,
«A è più prioritario rispetto a B»,
«A è maggiormente prioritario rispetto a B»
Queste ultime suonano come una forzatura che si potrebbe forse ammorbidire mettendo le virgolette («"più prioritario"», «"maggiormente prioritario"»).
Comunque, googlando "maggiormente prioritario", "più prioritario rispetto" e "più prioritario di" si ottengono tanti risultati, segno che, giuste o sbagliate che siano, queste forme si usano.
EDIT @Numbers
Se fosse semplice come tu suggerisci, anche la locuzione "massima priorità" sarebbe errata, giusto? E invece, se anche fosse errata in linea di principio, è una locuzione che l'uso, diffuso in ogni possibile contesto colto, ha chiaramente reso legittima. Lo stesso vale anche in inglese: nessuno metterebbe in discussione che "top priority", "highest priority" o "greatest priority" siano perfettamente accettabili. Addirittura, per identificare la relazione 'ordine tra diversi elementi, si parla di "priority queue".