As user unknown said in his comment, "Erscheinen doch beide ..." is a subordinate clause, so the grammatically correct version would read
Dennoch ist es tiefgründiger, als man zunächst meinen könnte, erscheinen doch beide Faktoren zunächst als Antagonisten: ...
To be precise, this subordinate clause is a beast called "uneingeleiteter Nebensatz", i.e., there's no conjunction such as obwohl introducing the clause. Here, the clause begins with a verb! Note that one could also write
Dennoch ist es tiefgründiger, als man zunächst meinen könnte, obwohl beide Faktoren zunächst als Antagonisten erscheinen: ...
Now you clearly see the subordinate clause introduced by obwohl.
There are several types of "uneingeleitete Nebensätze". The above is called "Uneingeleiteter Konzessivsatz" or "Uneingeleiteter Einräumungssatz".
:-)– Hendrik Vogt May 05 '12 at 09:31