Es kann sein, dass sich hier technischer Software-Speak und deutsche Sprache etwas auseinander-dividiert haben.
Änderungen „an“ einem Stück Software umfassen gewöhnlich sowohl das Interface als auch Interna. Änderungen „in“ der Software können u.U. rein intern sein.
Nimmt man ein anderes Beispiel, kommt man der Sache schon etwas näher:
In Deutschland haben in den letzten Jahren große Änderungen stattgefunden
Vs.
an Deutschland sind in den letzten Jahren erhebliche Änderungen vorgenommen worden
Bei diesen Beispielen wird klar, dass Änderungen „in“ etwas von innen heraus stattfinden, während Änderungen „an“ etwas von außen bzw. von einer überschaubaren Gruppe von innen verursacht wurden.
Auch „stattfinden“ bzw. „vornehmen“ sind zwischen den beiden Beispielen nicht austauschbar. “In” lässt den Verursacher vollkommen außer acht, während „an“ ihn geradezu hervorhebt.
Bei Software, wo eigentlich klar ist, dass nur die Entwickler Änderungen vornehmen können, sind beide Ausdrücke im wesentlichen allerdings gleichwertig.
Der Genitiv hat in den meisten Anwendungen den Nachteil, dass er Aktor und Objekt nicht klar auseinanderhalten und deswegen mißverständlich sein kann (es gibt sowohl einen genitivus objectivus als einen genitivus subjectivus):
Die Beachtung des Gesetzes
und
Der Rat des Freundes
stellen zwei grundsätzlich unterschiedliche Verwendungen dar (der Freund ist das Subjekt der Handlung, das Gesetz das Objekt), die beide durch den Genitiv ausgedrückt werden.
Die Änderungen des Frameworks
könnten also rein theoretisch Änderungen sein, die das Framework selbst vornimmt (z.B. an einer Datenbank), als auch Änderungen, die am Framework durchgeführt wurden (von einem Entwickler). Im Gegensatz dazu stellen die Konstruktionen mit Präposition ganz klar das Framework in die Objektrolle.